Stromboli è considerato uno dei vulcani più attivi del mondo ed è caratterizzato da persistente attività esplosiva, chiamata appunto stromboliana, interrotta soltanto da episodi occasionali di attività più intensa, accompagnata da flussi di lava, come di recente si è verificato nel 1975, nel 1985, nel 2003 e nel 2007. L'attuale morfologia è il risultato di numerose fasi di attività articolate in diversi cicli eruttivi che si sono susseguiti a partire da oltre 100.000 anni fa.
La struttura dell'isola è controllata da lineamenti tettonici ad andamento NE-SO, come evidenziato dall'orientazione predominante delle intrusioni vulcaniche e delle strutture fragili. Il fianco nord-ovest del vulcano è dominato dalla "Sciara del Fuoco" ed è caratterizzato da una vasta depressione la cui formazione è attribuita ad un crollo che si sarebbe verificato più di 5.000 anni fa. Recenti rilievi batimetrici indicano che la Sciara del Fuoco si estende al di sotto del livello del mare fino una profondità di circa 1700 m.
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